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Grâce aux techniques récentes de séquençage haut-débit (High Throughput Sequencing - HTS), de nouveaux virus de vigne sont identifiés chaque année, permettant la description exhaustive du virome de la vigne. Celui-ci est très complexe car présentant des multi-infections systématiques. Les données issues des HTS et leurs analyses bio-informatiques et -statistiques, permettent de détecter des virus chez la vigne de manière non ciblée et exhaustive, d’assembler les séquences complètes de variants viraux, d’identifier de nouveaux virus, leur histoire évolutive et de révéler de potentielles viroses émergentes.

De façon à pérenniser et mutualiser nos compétences, nos moyens et structures au service d’un programme de recherche afin d’accélérer la mise au point d’innovations, nous avons proposé la création du Laboratoire Partenarial Associé (LPA) INRAE/IFV « VitiVirobiome », utilisant les HTS appliquées à la connaissance du virome de la vigne. VitiVirobiome est, entre autre, impliqué dans le projet Vaccivine sur la prémunition contre le court-noué et vient d’être lauréat d’un projet CASDAR, OptiSeq, visant à optimiser les HTS pour les virus de la vigne. La finalité de VitiVirobiome sera d’une part la production de connaissances fondamentales sur les virus, et d’autre part de permettre à la filière de s’approprier les HTS pour accroître la qualité sanitaire du vignoble national. L’implémentation des HTS dans la filière permettra de proposer à terme une « haute qualité de certification » du matériel végétal, anticiper les émergences virales et accompagner de nouvelles stratégies de biocontrôle comme la prémunition pour promouvoir une viticulture à bas intrants. La convention de ce partenariat de LPA entre INRAE et l’IFV sera probablement signée ce 1er mars 2023 au Salon International de l’Agriculture, et ceci pour une durée de 5 ans. Les futurs directeurs, en alternance, seront O. Lemaire (INRAE) et J-M. Hily (IFV) durant ce premier quinquennat.